Взрослые особи достигают скромных размеров, всего 3–4 см в длину. Для самцов характерна яркая окраска, насыщенность которой зависит от их возраста и положения в иерархии стайки. Наиболее доминантные самцы демонстрируют более пёстрые оттенки, в отличие от тех, кто занимает нижние ступени «социальной лестницы». В их окраске преобладают золотистые и бирюзовые тона, дополняемые вкраплениями красных, зелёных и синих оттенков. На теле присутствует рисунок из 7–9 тёмных поперечных полосок, а в основании хвостового стебля заметно крупное чёрное пятно, называемое также «ложным глазком». Дополнительное пятно иногда располагается на спинке, прямо под спинным плавником. В отличие от многих живородящих видов, где наблюдается отчётливый половой диморфизм (яркие самцы, блеклые самки), у Микропецилии Браннера ситуация несколько иная. Самки имеют узор и окраску, схожую с самцами, хотя и менее интенсивную, что делает их похожими на субдоминантных самцов. Однако явное различие заключается в размерах: самки заметно крупнее и имеют характерно выделяющееся серебристое брюшко.