Коридорас Агассиса, как и другие представители рода, обладает высокой чувствительностью к качеству воды и состоянию грунта. Основной причиной заболеваний является несоблюдение параметров среды, что приводит к повреждению или эрозии усиков, через которые в организм могут проникать вторичные инфекции. Для профилактики необходимо использовать мягкий мелкозернистый грунт без острых краев и поддерживать чистоту в придонном слое. Рыбы подвержены типичным для аквариумных рыб заболеваниям при нарушении условий содержания, включая поражения кожи и жабр паразитами или грибковыми инфекциями. Качественная фильтрация и регулярная подмена воды являются главными методами предотвращения болезней. При возникновении признаков недомогания, таких как апатия, изменение окраски или повреждение плавников, следует проверить уровень аммиака и нитритов, а также обеспечить стабильность химического состава воды.