Разведение Аномалохромисов Томаса обычно не вызывает больших трудностей. В отличие от многих других африканских видов, они способны успешно размножаться в довольно широком диапазоне значений pH и dGH, что позволяет малькам появляться даже в общем аквариуме. Этот вид моногамен: самец и самка формируют прочную пару из числа сородичей, которая сохраняется на протяжении длительного времени. Формирование пары наиболее вероятно, если рыбки росли вместе с молодого возраста. С началом брачного периода пара занимает определенный участок на дне аквариума, создавая временную территорию, которую они активно защищают. Для нереста обычно выбирается плоский камень или широкий лист растения, расположенный близко ко дну. Рыбки тщательно очищают выбранную поверхность от органических отложений. Самка откладывает до 500 икринок. Период инкубации длится примерно 48 часов. В это время самка неотлучно находится возле кладки, а самец патрулирует границы своей территории. Помимо этого, они успевают вырыть несколько небольших ямок в грунте, где поочередно будут находиться мальки после вылупления. Забота о потомстве продолжается не более месяца, после чего мальки становятся полностью самостоятельными.