История создания Пецилии чернохвостой началась в 1940-х годах в нью-йоркской лаборатории доктора Майрона Гордона, биолога. Во время одной из своих экспедиций по тропическим регионам Мексики он обнаружил небольшую рыбку из рода Xiphophorus, отличительной чертой которой были чёрные кромки плавников и хвоста. Впоследствии ей было присвоено название «Comet» Platy, или Пецилия комета. В журнале «Аквариум» за август 1940 года вышла подробная статья, где доктор Гордон вспоминал: «Когда мы впервые обнаружили эту рыбку в Мексике, наша первая мысль была, что это лишь ещё один экземпляр среди удивительного генетического многообразия Пецилий. На тот момент она представляла для меня интерес исключительно как объект для изучения генетики. Торговцы аквариумными рыбами, сопровождавшие нашу экспедицию, не увидели в ней перспективного коммерческого вида». Вернувшись в Нью-Йорк, Мирон Гордон не стал изолировать «Comet» Platy в своей лаборатории, а поместил её в общий аквариум с другими разновидностями Пецилий. Спустя месяц результат оказался неожиданно пёстрым: мальки обладали не только чёрными плавниками, но и контрастным узором из крапинок по всему телу и на голове. Эта новая разновидность получила название Wagtail Platy, или Пецилия чернохвостая. Окончательный облик этой разновидности был сформирован на коммерческих рыбьих фермах. В процессе селекции крапинки с тела были устранены, а скрещивание с Красной и Золотой пецилиями придало телу соответственно красноватые и жёлтые оттенки, при этом чёрные плавники были сохранены.