Boulengerochromis microlepis es endémico del lago Tanganica, uno de los más grandes de África, situado en la frontera entre Tanzania, Zambia, República Democrática del Congo y Burundi. La singularidad del ecosistema de este lago radica en que la mayoría de sus habitantes no se encuentran en ningún otro lugar del mundo. Los cíclidos gigantes adultos prefieren profundidades de hasta 100 metros, eligiendo zonas de fondo donde se mezclan fragmentos rocosos con áreas arenosas abiertas. Los ejemplares jóvenes, en cambio, habitan aguas costeras más someras con sustratos arenosos.