Melanochromis johannii es una especie polígama, donde un macho y varias hembras forman un grupo familiar permanente. En condiciones favorables, el desove puede comenzar en cualquier momento, y uno de los principales precursores de la temporada de apareamiento es una notable intensificación del color del macho, que puede volverse el doble de brillante. Las hembras ponen de 10 a 60 huevos directamente sobre el sustrato, después de lo cual los esconden inmediatamente en la boca, un mecanismo evolutivo fiable para proteger a la descendencia. Sin embargo, los huevos en esta etapa permanecen sin fertilizar, y existe una forma interesante de fertilizarlos. El patrón en la aleta anal del macho imita los huevos, y la hembra intenta tragarlos por error. En este momento, el macho libera esperma, que la hembra inhala, y ocurre la fertilización. El período de incubación dura de 14 a 21 días, y los huevos permanecen en la boca de la hembra durante todo este tiempo. Después del nacimiento, ella continúa protegiendo a los alevines durante varios días más; en caso de peligro, los alevines se esconden en la boca de la madre. Durante este período, los alevines pueden alimentarse de alimentos secos finamente triturados y nauplios de artemia (su etapa larvaria).