El tamaño de los adultos de este pez no supera los 6 cm de longitud. Una característica distintiva es su cuerpo alargado, coronado por una cabeza grande y cónica. La vida de un habitante del fondo tan diminuto está llena de peligros, por lo que la naturaleza ha dotado a este bagre de ojos situados en lo alto de la cabeza y dirigidos hacia arriba para detectar a los depredadores a tiempo. Además, para su protección, los primeros radios de todas las aletas, incluida la caudal, están notablemente engrosados, formando una especie de espinas. La coloración de P. maculicauda es moteada: sobre un fondo claro se aprecian manchas redondas de color marrón. Las aletas, al igual que la cola, a menudo tienen un tono rojizo o ladrillo. Curiosamente, el parotocinclus se asemeja a sus parientes cercanos, los otocinclus, pero se diferencia de ellos por la presencia de una diminuta aleta anal, lo que, de hecho, es la única diferencia obvia entre estos dos géneros.