El bagre agamyxis se considera una especie resistente, sin embargo, debido a la ausencia de escamas y a las peculiaridades de la estructura de su cuerpo, es sensible a la calidad del agua. Las principales amenazas para la salud son la acumulación de amoníaco, nitritos y nitratos, que surgen de una filtración deficiente o un exceso de residuos orgánicos. Si no se mantienen los parámetros del agua y no se realizan cambios regulares, los peces pueden sufrir infecciones bacterianas de la piel, que se manifiestan como úlceras o lesiones en los tegumentos. La prevención de enfermedades consiste en mantener condiciones estables, utilizar una filtración de calidad y sifonar el sustrato regularmente. Es importante evitar cambios bruscos de temperatura y parámetros del agua. Si es necesario un tratamiento, debe tenerse en cuenta que muchas especies de peces son sensibles a ciertos productos químicos, por lo que la dosificación debe elegirse con precaución. Las lesiones en las aletas y la piel durante un transporte inadecuado con una red también pueden ser una puerta de entrada para infecciones secundarias.