Для успешного нереста Афиохаракса Наттерера предпочтительны условия мягкой, слабокислой воды (dGH 2–5, рН 5.5–6.0). Рыбки откладывают икру среди зарослей водных растений довольно беспорядочно, без формирования организованной кладки, поэтому икринки могут быть рассеяны по всему дну. Несмотря на свои небольшие размеры, Афиохаракс Наттерера весьма плодовит: одна самка способна выметать сотни икринок. Родительские инстинкты у этого вида отсутствуют, и рыбы не проявляют заботы о потомстве. Более того, взрослые особи могут съесть своих мальков, если представится возможность. При планировании разведения икринки рекомендуется переместить в отдельный аквариум с аналогичными водными параметрами. Инкубационный период длится около 24 часов. В первые дни жизни мальки питаются за счёт своих желточных мешков, а затем начинают активно искать пищу. Поскольку молодь очень мала, ей необходим микроскопический корм, такой как инфузория-туфелька или специальные жидкие/порошкообразные корма.