Para una reproducción exitosa de Aphyocharax nattereri, se prefieren condiciones de agua blanda y ligeramente ácida (dGH 2–5, pH 5.5–6.0). Los peces desovan entre la vegetación acuática de forma bastante desordenada, sin formar una puesta organizada, por lo que los huevos pueden dispersarse por todo el fondo. A pesar de su pequeño tamaño, Aphyocharax nattereri es muy prolífico: una sola hembra puede desovar cientos de huevos. Este tipo carece de instintos parentales y los peces no cuidan a su descendencia. Además, los adultos pueden comerse a sus alevines si se presenta la oportunidad. Al planificar la cría, se recomienda trasladar los huevos a un acuario separado con parámetros de agua similares. El período de incubación dura aproximadamente 24 horas. Durante los primeros días de vida, los alevines se alimentan de sus sacos vitelinos y luego comienzan a buscar alimento activamente. Dado que los alevines son muy pequeños, necesitan alimentos microscópicos, como infusorios o alimentos líquidos/en polvo especiales.