Для радужницы озера Сентани характерны типичные для семейства меланотениевых заболевания, возникающие при нарушении условий содержания. Рыбы чувствительны к качеству воды, поэтому накопление органических отходов и высокий уровень аммиака или нитритов быстро провоцируют бактериальные инфекции, проявляющиеся в виде эрозии плавников, язв или помутнения слизистых оболочек. Также при стрессе, вызванном резкими колебаниями параметров или перенаселением, вид подвержен ихтиофтириозу (белые точки на теле) и грибковым поражениям. Профилактика заболеваний заключается в поддержании стабильных параметров воды и регулярных подменах. Особую опасность представляет склонность вида к гибридизации с другими представителями рода, что при неконтролируемом разведении ослабляет иммунитет потомства и приводит к вырождению популяции. Для сохранения здоровья рыб рекомендуется избегать содержания в одном аквариуме с близкородственными видами, так как это не только ведет к потере чистоты линии, но и затрудняет диагностику видоспецифичных состояний из-за внешнего сходства особей.