Гипанциструс-зебра часто нерестится в домашниз аквариумах, поэтому при наличии подходящих условий появление мальков – лишь вопрос времени. Чтобы контролировать начало брачного периода и обеспечить сохранность потомства, можно использовать нерестовый аквариум. Обычно это небольшой резервуар объемом от 30 литров. В его оформлении решающее значение имеют укрытия, которые могут быть сформированы из небольших керамических горшочков, положенных на бок, отрезков ПВХ-труб или же специальных декоративных элементов, имитирующих подводные гроты и пещеры. Входное отверстие должно быть лишь немного шире рыбки. Укрытие размещается рядом с распылителями воздуха, чтобы обеспечить высокий уровень кислорода и циркуляцию воды. Растения и субстрат в нерестовике не требуются. Параметры воды, такие как pH, dGH и температура, должны соответствовать основному аквариуму. Стимулом к нересту служит обновление воды (50–70% от объема) на свежую и более прохладную на 2–4°C, что имитирует сезон дождей в дикой природе. Эту процедуру повторяют каждые 2–3 дня. Через некоторое время сомики перейдут к брачному периоду. Самцы, выбрав подходящее убежище, начнут приглашать туда самок. После того как пара объединится, они уединяются на несколько дней. Затем самка уплывает, а самец остается защищать и заботиться о кладке. Откладывается обычно от 7 до 15 икринок. Мальки вылупляются через неделю, и спустя ещё 2–3 дня они выбираются из укрытия и начинают свободно плавать. После этого момента самца можно возвращать в общий аквариум. Мальков следует кормить специализированными кормами для мальков аквариумных рыб, а также науплиями артемий, микрочервями и подобными продуктами. Мальки очень прожорливы, поэтому доступ к корму должен быть постоянным.