Melanotaenia fasciata, como muchas otras especies de peces arcoíris, muestra variaciones notables en la coloración y el patrón corporal. Estas diferencias dependen de la región específica de origen. En Nueva Guinea, numerosas barreras naturales aíslan a las diversas poblaciones, contribuyendo a la formación de una amplia gama de formas de color. Por lo general, la parte superior del cuerpo de los peces varía de tonos parduscos a azulados, mientras que la parte inferior puede ser plateada o dorada. A menudo se observan rayas verticales oscuras en el abdomen. Los machos suelen ser más brillantes que las hembras, y sus aletas dorsal y anal a menudo están teñidas de tonos rojizos o amarillentos. Durante el desove, la parte superior de la cabeza de los machos puede adquirir un tono bronce. Debido a su similitud, esta especie a veces se confunde con el pez arcoíris de Bleher, estrechamente relacionado. Además, en el mercado se encuentran formas híbridas derivadas de ambas especies.