В благоприятных условиях Карликовый Нанностомус способен размножаться в домашнем аквариуме. Нередко некоторое количество мальков выживает даже без целенаправленного участия аквариумиста. Однако для увеличения шансов на успех процесс разведения стоит взять под контроль. На дне аквариума можно разместить густые заросли низкорослых растений, таких как Яванский мох, или использовать искусственные нерестовые субстраты, среди которых рыбки отложат икринки. Поскольку родительские инстинкты у Нанностомусов слабо развиты, яйца, скорее всего, будут съедены, если их не перенести в отдельный резервуар с идентичными водными условиями. В этот резервуар рекомендуется поместить листья индийского миндаля из основного аквариума (если они там были). В процессе разложения на листьях образуются колонии микроорганизмов, например, инфузории-туфельки, которые станут прекрасным стартовым кормом для только что появившихся мальков. В качестве альтернативы можно задействовать специализированные корма с частицами размером от 5 до 50 микрон, постепенно переводя подрастающих рыбок на науплии артемий.