En condiciones favorables, el Nannostomus enano puede reproducirse en un acuario doméstico. A menudo, una cierta cantidad de alevines sobrevive incluso sin la intervención deliberada del acuarista. Sin embargo, para aumentar las posibilidades de éxito, el proceso de cría debe controlarse. En el fondo del acuario se pueden colocar densos matorrales de plantas de bajo crecimiento, como el musgo de Java, o utilizar sustratos de desove artificiales, entre los cuales los peces depositarán sus huevos. Dado que los instintos parentales de los Nannostomus están poco desarrollados, es probable que los huevos sean devorados si no se transfieren a un tanque separado con condiciones de agua idénticas. Se recomienda colocar hojas de almendro indio del acuario principal (si las había) en este tanque. Durante el proceso de descomposición, se forman colonias de microorganismos en las hojas, como los paramecios, que serán un excelente alimento inicial para los alevines recién nacidos. Como alternativa, se pueden utilizar alimentos especializados con partículas de 5 a 50 micras, transfiriendo gradualmente a los peces en crecimiento a nauplios de artemia.