Esta especie se caracteriza por un comportamiento amigable y activo. Se lleva bien con otros peces pacíficos de cardumen de tamaño pequeño. Sin embargo, la convivencia con individuos más grandes puede ser un problema, ya que Nannostomus mortenthaleri corre el riesgo de convertirse en su presa y, por temor, no podrá competir por el alimento. Se recomienda mantenerlos en cardúmenes de al menos 6 individuos. Dentro de la especie, se observan relaciones competitivas entre los machos en la lucha por la atención de las hembras; esto se manifiesta en constantes escaramuzas, aunque rara vez causan lesiones graves. Sin embargo, dada su débil adaptación a las condiciones del acuario, incluso daños menores pueden agravarse y provocar enfermedades. Por lo tanto, una solución óptima podría ser mantener un macho con un grupo de hembras. Para mantener al macho en forma, se puede usar un pequeño truco, colocando un espejo en el acuario, que él percibirá como un rival.