La cría de Nannostomus marilynae es posible en un acuario doméstico, aunque está asociada con ciertas dificultades. Los principales problemas incluyen la tendencia de los adultos a comerse a sus propias crías, así como las dificultades para alimentar a los alevines muy pequeños. En un entorno artificial, no se observa una temporada de reproducción pronunciada. En un grupo grande, que consta de decenas de individuos, los alevines pueden aparecer con bastante frecuencia, ya que las hembras desovan en diferentes momentos. Durante el desove, las hembras dispersan los huevos entre la vegetación y luego no muestran cuidado parental. Como ya se mencionó, si tienen la oportunidad, los peces pueden comer los huevos o los alevines recién nacidos. Para preservar la descendencia, se recomienda trasladarla a un acuario separado con parámetros de agua similares. Los alevines deben ser alimentados con alimentos en polvo especializados, suspensiones y, si es posible, infusorios.